O programa se apresenta em dois níveis (Mestrado Acadêmico e Doutorado) e está estruturado em cinco linhas de pesquisa, cujas ementas e propostas para o perfil de egresso são:
Estudos e reflexões sobre processos e práticas de ensino e aprendizagem musical envolvendo fundamentos, valores, metodologias; currículos e avaliação; aspectos filosóficos, psicológicos e sociológicos do fazer musical.
A linha de pesquisa Educação Musical, acolhendo pesquisas voltadas para os processos de ensino e aprendizagem de música em diferentes contextos socioculturais e institucionais, tem como perfil do egresso o seguinte: um professor de música com qualificado para atuar como docente e pesquisador no ensino superior e em outros contextos de desenvolvimento artístico e educacional, apto a discutir e colaborar com as políticas públicas de educação e cultura.
Estudos dos fatos sonoro-musicais como fatos de cultura e instâncias de produção de grupos sociais, de modo que as abordagens estéticas os percebam como indissociáveis da trama de relações históricas, culturais e sociais em que estão inseridos.
A linha Música e Cultura, acolhendo pesquisas nas subáreas de Musicologia Histórica e Etnomusicologia, forma profissionais com amplo domínio e sensibilidade para a análise e compreensão de cenários sociais, históricos e culturais variados mediados pela performance musical. Os egressos são pesquisadores capacitados para atuar nos pilares da docência do ensino superior e para desempenhar funções diversas em instituições públicas e privadas, como, por exemplo, o tratamento arquivístico de acervos sonoros e musicais; o trabalho colaborativo de defesa e fomento de culturas musicais junto a comunidades tradicionais e a atuação no âmbito do desenvolvimento de políticas públicas.
Estudos que têm como foco principal a performance de um repertório e sua investigação a partir de matrizes teóricas variadas (históricas, estilísticas, pedagógicas, culturalistas, filológicas, semiológicas, sonológicas, organológicas etc.), visando tanto o aperfeiçoamento técnico e interpretativo quanto o desenvolvimento de discussões teóricas.
Na linha Performance Musical, o perfil é o de um músico-pesquisador, capaz de atuar no mercado de trabalho em projetos artístico-culturais variados e projetos de ensino mais voltados para os instrumentos musicais, sabendo aliar a prática artística de alto nível musical e técnico às reflexões teórico-conceituais típicas da pesquisa acadêmica, de modo a extrair dessa relação frutos que tornam a enriquecer cada um dos polos tomados individualmente: tanto a performance se torna mais consciente e plena de significados quanto a pesquisa ganha uma fonte privilegiada de informações e vivências advindas da prática musical imediata.
Estudos das diversas modalidades do fazer musical, articulando suas instâncias de criação e de análise a partir de uma abordagem que privilegia processos e materiais tais como composição, elementos de estruturação, escritura e técnica instrumentais, arranjo, fonografia, concepções interpretativas, multimeios.
Na linha Processos Analíticos e Criativos, espera-se do egresso capacidade de articulação de práticas musicais criativas e analíticas com objetivo de desenvolver projetos de composição, concepções interpretativas e discussão sobre poéticas e técnicas associadas principalmente à chamada música de concerto.
Estudo do material acústico em sua vinculação com as produções e atividades musicais, abordando problemas de criação/produção, análise, percepção e epistemologia. Utiliza conhecimentos das artes e das ciências exatas, humanas e biológicas bem como métodos variados, do processamento digital de sinais à escuta reduzida. Abriga projetos de caráter analítico, criativo, crítico, estético ou histórico dedicados à extração e processamento de informação musical, sistemas musicais interativos, cultura e história da escuta.
Na Sonologia o caráter multidisciplinar se reflete no perfil dos egressos, aptos a desenvolver projetos em ao menos uma dessas áreas: processamento digital de áudio para diferentes aplicações musicais, análise multimodal da performance musical, planejamento e desenvolvimento de ferramentas interativas para aplicação em criações artísticas e educativas, reflexão crítica sobre a escuta mediada por novos meios tecnológicos. A linha atrai alunos que contam com uma iniciação básica em uma ou mais dessas áreas de conhecimento e também com habilidades musicais específicas, tais como a performance em instrumentos musicais tradicionais, eletrônicos ou multimeios, a composição musical, ou estudos musicológicos diversos. As possibilidades de atuação profissional dos egressos da Sonologia são variadas: docência e pesquisa acadêmica, integração a diferentes projetos de tecnologia aplicada, coordenação de (e colaboração com) projetos artísticos e educativos que integram novas tecnologias, produção musical para diferentes meios etc.